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Kit para la evaluación cualitativa de la micobiota humana mediante amplificación por PCR de la región ITS1 del ADN ribosomal (rDNA) fúngico y secuenciación por NGS.

Descripción Detallada

Principio de funcionamiento

Mycobiota Solution se basa en la amplificación por PCR de la región hipervariable ITS1 del rDNA fúngico, utilizando cebadores que permiten identificar la mayor parte de las poblaciones fúngicas presentes en la muestra. Los amplicones generados se secuencian posteriormente mediante Next Generation Sequencing (NGS). El protocolo incluye ocho etapas: extracción y cuantificación de ADN, Target PCR, purificación de productos de Target PCR, Index PCR, purificación de productos de Index PCR, normalización y preparación del pool, secuenciación y análisis de datos.
Principio de funcionamiento Mycobiota Solution

Aplicaciones clínicas

El kit está destinado a la evaluación cualitativa de la micobiota humana dada su relevancia en múltiples condiciones fisiológicas y estados patológicos (por ejemplo, mecanismos de carcinogénesis colorrectal e infecciones fúngicas en pacientes inmunocomprometidos).

Beneficios

Evaluación cualitativa, rápida (~8 horas), y de alta sensibilidad de la micobiota basada en ADN, sin depender del análisis morfológico por cultivo. Análisis automatizado post-secuenciación con software dedicado que permite generar informes las especies fúngicas identificadas en cada muestra y comparativas entre muestras seleccionadas por el usuario.

Tecnología utilizada

Amplificación por PCR de la región ITS1 del rDNA fúngico seguida de NGS.
Flujo de Trabajo Mycobiota Solution

Público/usuario previsto

Este producto está dirigido a laboratorios de microbiología clínica o investigación que requieren una solución basada en secuenciación masiva (NGS) para la caracterización de la micobiota humana. Está especialmente orientado a usuarios que necesiten un protocolo desde la preparación de librerías hasta el análisis bioinformático para el estudio de comunidades fúngicas sin dependencia del cultivo.

Consideraciones o limitaciones

El kit está previsto para uso manual; cualquier automatización debe ser validada por el usuario. El análisis de datos con MicrobAT devuelve asignación taxonómica hasta nivel de especie para la mayor parte de las lecturas y estadísticas descriptivas como curva de rarefacción, alfa-diversidad e índice de disbiosis.

Otra información técnica relevante

Métodos de extracción recomendados: QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit o QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit para heces, y DNeasy PowerSoil Pro Kit para otras muestras; otros métodos pueden emplearse tras validación por el usuario. Necesario un input de ADN de 5–50 ng/µl. Compatibilidad con plataformas Illumina MiSeq™, iSeq 100™ y MiniSeq™. Para una cobertura óptima de la región amplificada, se recomienda obtener al menos 50.000 lecturas por muestra.

Aspectos Clave

Evaluación cualitativa de la micobiota humana mediante PCR ITS1 + NGS.
Preparación de librería ~8 horas.
Aplicable a muestras como heces, hisopos rectales, vaginales, cutáneos y orales, saliva, esputo y orina.
Evita la fase de cultivo y reduce el sesgo asociado a las condiciones de cultivo en laboratorio.
Software dedicado para informes por muestra y comparativos, con métricas descriptivas de diversidad.
Compatible con Illumina MiSeq™, Illumina iSeq 100™ e Illumina MiniSeq™.

Detalles de Presentación

Formato y Referencias
AD-005.048 48 reacciones
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Área:

Hongos, Microbiología
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