Archer IMMUNOVerse TCR panel

Principio de funcionamiento

El protocolo se basa en la tecnología Anchored Multiplex PCR (AMP™), un método escalable que permite generar librerías enriquecidas en regiones específicas de interés en cuestión de horas. Esta tecnología emplea primers gen-específicos unidireccionales (GSPs) que capturan alteraciones conocidas y desconocidas. Los adaptadores de Archer contienen códigos de barras moleculares (Molecular Barcodes, MBCs) y secuencias índice, que posibilitan deduplicación de lecturas, corrección de errores y análisis cuantitativo de clonotipos. Los datos generados deben procesarse con el software Archer™ Analysis, que realiza alineamiento de alta confianza, detección de clonotipos y reporte de mutaciones a partir de archivos FASTQ demultiplexados.

Aplicaciones

Uso exclusivo en investigación para el estudio de la diversidad y clonotipos de receptores de células T. Permite aplicaciones como:

• Caracterización de la diversidad del repertorio TCR.
• Estudios de clonotipos en muestras de sangre periférica, tejido fresco-congelado o FFPE.
• Detección de clones expandidos en PBMCs y TILs.

Beneficios

• Permite generar librerías listas para secuenciación en pocas horas, con un protocolo sencillo gracias a sus reactivos predispensados en tiras de tubos utilizando códigos de color.
• Alto rendimiento incluso a partir de baja cantidad de ácido nucleico de partida.
• Compatible con una amplia variedad de tipos de muestra (PBMC, tejido fresco-congelado, FFPE).
• Incluye puntos de parada seguros en varias etapas del flujo de trabajo, lo que facilita la planificación experimental.
• El uso de MBCs asegura detección robusta de clonotipos únicos y minimiza artefactos por errores de PCR o secuenciación.
• Permite el procesamiento de muestras individuales, eliminando la espera para la acumulación de las mismas.

Resultados o indicadores clave

• Producción de bibliotecas con alta complejidad y representatividad del repertorio TCR.
• Métricas de secuenciación y número de observaciones únicas por clonotipo reportadas en Archer Analysis.
• Corrección robusta de errores y eliminación de duplicados.

Tecnología utilizada

Basada en la química AMP™ (Anchored Multiplex PCR) combinada con adaptadores con códigos de barras moleculares (MBCs) y un sistema de doble indexación para multiplexado de muestras en plataformas Illumina.

Público/usuario previsto

Investigadores en inmunología, oncología e inmuno-oncología que requieran caracterizar repertorios TCR a nivel molecular mediante NGS en plataformas Illumina.

Aspectos Clave

• Tecnología AMP™ para enriquecimiento de alteraciones conocidas y desconocidas.
• Adaptadores MBC con índices duales para deduplicación y clonotipado confiable.
• Kits en formato liofilizado, fáciles de manipular y almacenar.
• Compatible con MiSeq® y NextSeq® (mínimo 300 ciclos).
• Puntos de parada seguros durante el flujo de trabajo.
• Integración con el software Archer™ Analysis para reporte completo y transparente.