ForenSeq® Kintelligence HT Kit

Descripción detallada

Principio de funcionamiento

ForenSeq® Kintelligence HT Kit genera perfiles de SNPs a partir de muestras ante mortem (AM) y post mortem (PM). Los amplicones, con un tamaño medio inferior a 150 pb, favorecen el análisis de muestras de ADN degradado. El kit incorpora una formulación de PCR optimizada para muestras óseas e índices duales únicos para la preparación de librerías.

Tras la secuenciación en MiSeq FGx, el módulo Kintelligence HT de UAS procesa los datos y permite revisar la calidad de cada perfil mediante métricas generales, así como marcador a marcador. El resultado obtenido puede utilizarse siguiendo dos vías de análisis:

Análisis de parentesco en la base de datos local

UAS mantiene una base de datos privada de perfiles en el servidor local. El usuario selecciona muestras desconocidas y de referencia, ejecuta consultas de parentesco y revisa los posibles vínculos genéticos. Tras asignar una hipótesis de relación, el programa representa el pedigrí y calcula la razón de verosimilitud para el parentesco planteado. Aemás genera informes de las consultas realizadas

Genealogía genética forense (FIGG) con GEDmatch PRO

El módulo UAS genera un informe compatible con GEDmatch PRO en formato .txt para cada muestra seleccionada. El archivo contiene las llamadas de SNP necesarias para cargar el perfil directamente en la base de datos. Una vez cargado por un usuario con acceso autorizado, puede utilizarse en búsquedas de identificación directa o de familiares biológicos dentro de una investigación FIGG. La carga y la búsqueda se realizan en GEDmatch PRO; UAS prepara y descarga el archivo.

Aplicaciones

• Identificación de restos humanos y personas desaparecidas. Comparación de muestras PM con referencias familiares disponibles en el laboratorio.
• Estudios de parentesco a gran escala. Consultas entre numerosas muestras desconocidas y de referencia en la base local.
• Genealogía genética forense. Generación de perfiles compatibles con GEDmatch PRO para buscar posibles familiares biológicos y/o abrir nuevas líneas de investigación.

Beneficios

• Dos vías a partir del mismo perfil. Comparación local de parentesco y generación de un archivo específico para FIGG.
• Alto rendimiento. Hasta 12 muestras PM o 36 muestras AM por carrera en las condiciones de multiplexación descritas por el fabricante.
• Muestras complejas. Amplicones cortos y química optimizada para tipos de muestra habituales en identificación humana, incluidos huesos y dientes.
• Análisis y revisión en UAS. Control de calidad, gestión de perfiles, comparación de muestras e informes en servidor dedicado.

Resultados e indicadores clave

La preparación de librerías requiere de aproximadamente 10 horas, con menos de 3 horas de trabajo efectivo, y un tiempo de secuenciación de aproximadamente 28 horas. Optimizando la capacidad de secuenciación al máximo (12 muestras PM o 36 AM) es posible detectar con fiabilidad relaciones de hasta tercer grado. Con una multiplexación menor, la posibilidad de investigar relaciones se extiende hasta un quinto grado.

Tecnología utilizada

El flujo integra ForenSeq® Kintelligence HT Kit, MiSeq FGx y el módulo Kintelligence HT de ForenSeq® UAS. El informe GEDmatch PRO que genera UAS es un archivo .txt basado en GRCh37/hg19, con identificadores rsID, posición cromosómica y alelos informados en forward.

Público usuario previsto

Laboratorios de genética forense y centros de identificación humana que necesiten estudiar parentescos con referencias propias y disponer de una vía de análisis FIGG mediante GEDmatch PRO.

Consideraciones

El número de SNPs recuperados y el alcance del parentesco dependen de la cantidad y calidad de ADN, la cobertura y la multiplexación. Las consultas locales en UAS y las búsquedas externas en GEDmatch PRO son procesos distintos. La utilización de GEDmatch PRO requiere acceso a la plataforma y está sujeta a sus condiciones de uso.

Aspectos clave

Detalles de presentación

Referencias

• QIAGEN. ForenSeq Kintelligence HT Kit, Technical Information,
• QIAGEN. Universal Analysis Software User Guide for Kintelligence HT Module,
• QIAGEN. ForenSeq Kintelligence HT Kit User Guide

×

×