ShotGun metagenomics

La secuenciación por Shotgun es una técnica de laboratorio para determinar una o varias secuencias de ADN del genoma de un organismo o de la totalidad de una muestra. El método consiste en romper el genoma en una colección de pequeños fragmentos de ADN que se ordenan de forma individual. Luego, se debe bioinformáticamente colocar los fragmentos individuales en el orden correcto para reconstruir el genoma.

Illumina ofrece reactivos para preparar librerías a partir de cualquier muestra sin previo cultivo.

Dependiendo del objetivo/información que se quiera obtener, el número de lecturas/muestra va a variar. También va a depender del tamaño del genoma. Normalmente, los estudios de ShotGun parten de 100 Millones de lecturas muestras; por lo que se suelen requerir plataformas grandes de secuenciación (NextSeq/NovaSeq).

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