VIASURE 16S V1-V4 NGS Solution

Solución NGS para preparación de librerías dirigida a la identificación y perfilado simultáneo de especies microbianas presentes en ADN extraído de muestras originales, mediante el análisis de las regiones variables V1-V4 del gen 16S rRNA. Producto solo para uso en investigación (RUO) y no destinado a procedimientos diagnósticos.

Descripción Detallada

Principio de funcionamiento

VIASURE 16S V1-V4 NGS Solution es un dispositivo no automatizado para la preparación de librerías NGS basado en enriquecimiento por amplicones. El ensayo amplifica regiones diana del gen ribosomal bacteriano 16S rRNA, concretamente los dominios variables V1 a V4, y añade simultáneamente códigos de barras únicos e índices necesarios para la secuenciación posterior. El flujo de trabajo se basa en una única reacción de qPCR que combina el enriquecimiento de las secuencias diana y el indexado de las muestras mediante cebadores específicamente diseñados. Tras esta reacción, las librerías individuales se agrupan mediante pooling por volumen igual o por cuantificación relativa, se realiza una única purificación final de la librería, se cuantifica, se diluye y se prepara para secuenciación. La cuantificación relativa de las librerías individuales es posible gracias a la señal de fluorescencia final generada por un colorante de unión al ADN incluido en la mezcla de reacción; dicha señal es proporcional a la cantidad de molde diana y puede medirse en plataformas de PCR en tiempo real.

Aplicaciones

El producto está diseñado para facilitar la identificación y perfilado de especies microbianas presentes en ADN extraído de muestras de investigación, mediante el análisis de regiones variables del gen 16S rRNA. La secuenciación del gen 16S rRNA se describe como una técnica ampliamente utilizada para estudiar la composición y diversidad del microbioma en comunidades microbianas. El material comercial indica que el producto admite muestras biológicas o cultivos y está orientado a obtener resultados fiables y precisos en aplicaciones de investigación basadas en NGS.

Beneficios

Permite cubrir las regiones V1, V2, V3 y V4 del gen 16S rRNA mediante una estrategia de OneStep multiplex qPCR. Integra en una única qPCR la amplificación de las regiones diana y la incorporación de barcodes para secuenciación. Reduce la complejidad del flujo de trabajo mediante un proceso simplificado de qPCR, cuantificación, pooling y purificación. La qPCR permite una cuantificación inmediata y precisa de las librerías, de acuerdo con el folleto del producto. Requiere solo una purificación final de la librería tras el pooling. Incluye acceso a software bioinformático de Certest para el análisis de datos de secuenciación en formato FASTQ y generación de informes Krona.

Resultados o indicadores clave

Tamaño de librería: 500-600 bp. Requisito de input de ADN: 5 µl de muestra. Número de pools por panel: 1. Plexity: hasta 48. Tiempo de trabajo manual: <30 min. Plataformas: Illumina MiSeq y Element Biosciences AVITI.

Tecnología utilizada

El ensayo utiliza una estrategia de preparación de librerías NGS por enriquecimiento basado en amplicones, compatible con plataformas de secuenciación Illumina. La librería se genera a partir de ADN microbiano aislado, mediante qPCR para amplificación de las regiones V1-V4 e indexado de las muestras.

El flujo de trabajo incluye:

Enriquecimiento e indexado. Pooling. Purificación final de librería. Secuenciación. Análisis de datos.

Software de análisis

La solución incluye acceso a un software bioinformático de Certest para el análisis de datos crudos de secuenciación (V-Xplora). Se trata de una aplicación web desarrollada por Certest Biotec S.L. que permite generar archivos o informes Krona a partir de archivos FASTQ.

Público/usuario previsto

El producto está destinado a personal de laboratorio cualificado y formado en técnicas de Next Generation Sequencing (NGS), extracción de ácidos nucleicos, manejo del secuenciador y análisis mediante pipeline o software bioinformático.

Consideraciones o limitaciones

Producto solo para uso en investigación (RUO). No está destinado a procedimientos diagnósticos. No tiene finalidad clínica declarada y no debe utilizarse para diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades. Las características de rendimiento del producto no han sido establecidas para uso diagnóstico. Algunas especies se clasifican mejor mediante determinadas regiones variables que otras; el usuario debe conocer las regiones de interés para la clasificación durante el análisis bioinformático. Debido a que el gen 16S rRNA está ampliamente conservado y extendido entre bacterias, puede producirse contaminación ambiental si no se extreman las precauciones durante el procedimiento.

Aspectos Clave

Solución NGS para análisis del gen 16S rRNA.

Cobertura de regiones variables V1, V2, V3 y V4.

Preparación de librerías mediante OneStep multiplex qPCR.

Enriquecimiento e indexado en una única reacción.

Método basado en amplicones.

Compatible con Illumina MiSeq y, según el folleto, Element Biosciences AVITI.

Admite muestras biológicas o cultivos.

Tamaño de librería de 500-600 bp.

Hasta 48 muestras.

Tiempo de trabajo manual <30 min.

Un único pool por panel.

Análisis de datos mediante software V-Xplora / VIASURE in-house software.

Producto RUO, no destinado a diagnóstico.

Detalles de Presentación

Formato y referencia

Producto: VIASURE 16S V1-V4 NGS Solution Referencia: VS-16S-V1448PHRUO Uso: Research Use Only (RUO) Número de reacciones: 48 Tipo de producto: solución no automatizada para preparación de librerías NGS

Contenido suministrado

MIX 1 16S V14: master mix liofilizada que contiene cebadores, colorante de unión al ADN y componentes necesarios para la generación, enriquecimiento e indexado de las librerías de las regiones diana. Presentación: 1 placa de 48 pocillos. MIX 1 Rehydration buffer: solución para reconstituir el producto MIX 1 estabilizado. Presentación: 1 vial de 1,8 ml. Tear-off-8-cap strips: tapas ópticas para sellado durante el ciclado térmico. Presentación: 1 bolsa con 6 tiras de 8 tapas.

Condiciones de transporte, almacenamiento y uso

El producto puede transportarse y almacenarse entre 15-30 °C hasta la fecha de caducidad indicada en la etiqueta. Deben evitarse vibraciones durante el transporte para prevenir fugas. Se recomienda no rehidratar pocillos que no vayan a utilizarse. Los pocillos no utilizados deben conservarse en las bolsas de aluminio suministradas con gel de sílice, protegidos de la luz. Una vez rehidratados los pocillos, debe añadirse el ácido nucleico y realizarse la PCR de forma inmediata.

Área:

Bacterias, Microbiología

Tecnología:

Secuenciación masiva (NGS)

Marca:

Certest

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