RBC- ‑NGStype® — Genotipado de grupos sanguíneos por NGS

RBC-‑NGStype® utiliza la tecnología NGS basada en amplicones para una tipificación de alta resolución de los sistemas de grupos sanguíneos más relevantes, permitiendo el procesamiento de múltiples muestras en paralelo. Los datos se analizan automáticamente con el software NGStype®, que alinea las lecturas contra una base de datos de alelos basada en los registros de la ISBT (International Society of Blood Transfusion). dando como resultado el alelo detectado.

Principio de funcionamiento

El proceso comienza con la amplificación mediante PCR multiplexada de exones completos y regiones no codificantes relevantes de los diferentes grupos sanguíneos a analizar en función del kit utilizado. A continuación, se realiza la preparación de librerías (end-repair, dA-tailing y ligación de adaptadores), seguida de una PCR final y purificación. Por último, se realiza el “pooling” y desnaturalización de las librerías finales que estarán listas para secuenciar. La secuenciación puede realizarse en plataformas Illumina (ej. MiSeq, MiniSeq, iSeq100) u Oxford Nanopore.

El análisis de datos se realiza con el software NGStype® con análisis automatizado y representación cuantitativa de nucleótidos, cobertura e indicadores de heterocigosidad. Base de datos propia desarrollada a partir de las tablas ISBT, actualizada en colaboración con el Prof. Dr. Christoph Gassner.

Kits disponibles y cobertura

La solución presenta tres kits disponibles:

• RBCNGStype® CORE — Multiplexes: 4.
• RBCNGStype® enCORE — Multiplexes: 2.
• RBCNGStype® enCORE+ — Multiplexes: 2 (coming soon).

La cobertura de la solución RBC-NGStype no está limitada a un set predefinido de alelos, cubriendo exones e incluso genes completos, lo que permite detectar nuevos alelos y lograr una mayor precisión en la determinación de variantes.

Aplicaciones clínicas

• Genotipado de los principales sistemas de grupos sanguíneos (ABO, Rh, Kell, Kidd, Duffy, MNS, Lutheran, Diego, Colton, Dombrock, Scianna, Yt, Gerbich, Knops, Chido/Rodgers, Cromer, Vel, Indian, John Milton Hagen, Rh-associated glycoprotein, JR, LAN, entre otros).
• Tipaje de alta resolución para pacientes politransfundidos, trasplante y medicina transfusional avanzada.
• Identificación de variantes raras y nuevos alelos clínicamente relevantes.

Aspectos clave y beneficios

• Tipaje simultáneo de numerosos sistemas sanguíneos y múltiples muestras en paralelo.
• Alta resolución y precisión gracias a la secuenciación de nueva generación.
• Compatibilidad con todas las plataformas Illumina (PE 2×150) y Oxford Nanopore.
• Disponibilidad de distintos paneles permitiendo flexibilidad en la cobertura (CORE, enCORE, enCORE+).
• Análisis automático con NGStype® y base de datos propia ISBT-‑based, actualizada de forma continua.
• Software NGStype con diversas capas de información: alelos asignados, cobertura y calidad de las distintas regiones, posiciones heterocigotas y representación cuantitativa de nucleótidos.
• Su cobertura no limitada a regiones donde existen alelos descritos permite la detección de nuevos alelos y un genotipado más preciso.
• Hasta 48 muestras en paralelo en MiSeq Nano con el kit CORE.

Público/usuario previsto

Laboratorios de inmunohematología, bancos de sangre y servicios de transfusión interesados en el genotipado de alta resolución.