MSK-ACCESS® powered with SOPHiA DDM™

Solución in house de biopsia líquida basada en tecnología de secuenciación masiva de nueva generación (NGS) por captura híbrida para la detección ultrasensible de alteraciones somáticas en ADN libre circulante a partir de plasma. Desarrollada en colaboración con el Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK), implementa un robusto enfoque de secuenciación tumor-normal apareado (cfDNA de plasma + ADN de leucocitos WBC) para filtrar variantes de la línea germinal y mutaciones derivadas de hematopoyesis clonal (CHIP).

Descripción detallada

Principio de fundamento

La solución descentralizada MSK-ACCESS® powered with SOPHiA DDM™ permite a los laboratorios implementar localmente el ensayo de biopsia líquida de referencia clínica global desarrollado por el MSK, manteniendo el control absoluto sobre sus muestras, datos y tiempos de respuesta.

El pilar analítico fundamental de este ensayo es su enfoque tumor-normal apareado: procesa de manera conjunta y simultánea el ADN libre circulante (cfDNA) extraído del plasma del paciente y el ADN normal obtenido de leucocitos de sangre periférica (WBC, provenientes de la capa leucocitaria).

El protocolo integra adaptadores específicos con códigos de barras moleculares CUMIN® y primers de lectura única dual (UDI). La tecnología de etiquetado molecular permite generar secuencias de consenso de lectura única para la corrección de errores técnicos de PCR y artefactos de secuenciación, posibilitando una detección ultrasensible con un límite de detección (LOD) del 0,5% de frecuencia alélica (VAF).

Tras un enriquecimiento mediante captura híbrida dirigida para 147 genes asociados al cáncer, las librerías se secuencian a gran profundidad en plataformas Illumina, Complete Genomics o Element Biosciences. El análisis secundario y terciario se realiza en la plataforma en la nube SOPHiA DDM™, que automatiza el control de calidad molecular y el filtrado de variantes, y se conecta directamente con OncoKB™ —la base de conocimiento de oncología de precisión de MSK— y el OncoPortal™ integrado para el emparejamiento clínico con terapias dirigidas y ensayos clínicos.

Listado completo de genes

Categoría	Lista de genes / detalles
Lista de genes^a	AKT1 (3, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12), ALK (5, 9, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29), APC (CDS completo), AR (CDS completo), ARAF (7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16), ARID1A (CDS completo), ARID2 (8), ASXL1 (CDS completo), ATM (CDS completo), B2M (1), BAP1 (CDS completo), BCL2 (2), BCOR (10), BRAF (11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18), BRCA1 (CDS completo), BRCA2 (CDS completo), CARD11 (13), CBFB (2), CBL (9), CCND1 (5), CD79B (5), CDH1 (CDS completo), CDK12 (CDS completo), CDK4 (CDS completo), CDKN2A (CDS completo), CHEK2 (CDS completo), CIC (5), CREBBP (26, 27, 30), CTCF (6), CTNNB1 (3, 7, 8), DICER1 (27), DIS3 (10), DNMT3A (CDS completo), EGFR (3, 6, 7, 15, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24), EIF1AX (1, 2), EP300 (26, 27), ERBB2 (3, 6, 7, 8, 12, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 27), ERBB3 (3, 6, 7, 8, 9, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24), ERCC2 (CDS completo), ESR1 (5, 6, 7, 8^b), EZH2 (16), FBXW7 (CDS completo), FGFR1 (12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19), FGFR2 (3, 5, 7, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18), FGFR3 (7, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18), FGFR4 (13), FLT3 (14, 20), FOXA1 (2), FOXL2 (CDS completo), FOXO1 (1), FOXP1 (14), FUBP1 (14), GATA3 (CDS completo), GNA11 (5), GNAQ (5), GNAS (6, 8, 9), H3F3A (2), HIST1H3B (CDS completo), HRAS (2, 3, 4), IDH1 (4, 5), IDH2 (4), IKZF1 (8), INPPL1 (2), JAK1 (19), JAK2 (14), KDM6A (CDS completo), KEAP1 (CDS completo), KIT (8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21), KNSTRN (1), KRAS (CDS completo), MAP2K1 (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11), MAP2K2 (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11), MAPK1 (7), MAX (2, 4), MED12 (2, 26), MET (13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21), MLH1 (CDS completo), MSH2 (CDS completo), MSH3 (7), MSH6 (CDS completo), MTOR (29, 30, 31, 39, 40, 43, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 53, 56, 57), MYC (2), MYCN (2), MYD88 (5), MYOD1 (1), NF1 (CDS completo), NFE2L2 (2), NOTCH1 (6, 8), NPM1 (11), NRAS (2, 3, 4), NTRK1 (13, 14, 15, 16, 17), NTRK2 (15, 16, 17, 18, 19), NTRK3 (15, 16, 17, 18, 19, 20), NUP93 (2), PAK5 (4), PALB2 (CDS completo), PDGFRA (5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21), PHF6 (5, 9), PIK3CA (2, 3, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 19, 20, 21), PIK3CB (24), PIK3R1 (10, 11, 13, 14), PIK3R2 (10), PIM1 (1), PMS2 (CDS completo), POLE (1, 9, 13), POT1 (6), PPM1D (CDS completo), PPP2R1A (5, 6), PPP6C (7), PRKCI (15), PTCH1 (CDS completo), PTEN (CDS completo), PTPN11 (3, 13), RAC1 (2), RAD54L (10), RAF1 (7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17), RB1 (CDS completo), RET (8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19), RHOA (2, 3), RIT1 (5), ROS1 (36, 37, 38, 39, 40, 41, 42), RRAS2 (1, 3), RXRA (10), SETD2 (7), SF3B1 (14, 15, 18), SMAD3 (6), SMAD4 (CDS completo), SMARCA4 (19, 25, 26), SMARCB1 (9), SOS1 (5), SPOP (4, 5), SRSF2 (1), STAT3 (20), STK11 (CDS completo), STK19 (1), TCF7L2 (14), TET2 (CDS completo), TGFBR1 (4, 9), TGFBR2 (8), TP53 (CDS completo), TP63 (9, 14), TSC1 (CDS completo), TSC2 (CDS completo), U2AF1 (2, 6), VHL (CDS completo), XPO1 (15).
Fusiones	ALK, BRAF, EGFR, ETV6, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, RET, ROS1.
CNVs (variaciones en el número de copias)	AKT1, ALK, APC, AR, ARAF, ARID1A, ASXL1, ATM, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDK12, CDK4, CDKN2A, CHEK2, CREBBP, DNMT3A, EGFR, EP300, ERBB2, ERBB3, ERCC2, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXA1, FOXL2, GATA3, KDM6A, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MLH1, MSH2, MSH6, MTOR, MYC, MYCN, NF1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAK5, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, PMS2, PPM1D, PTCH1, PTEN, RAF1, RB1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMARCA4, STK11, TET2, TP53, TSC1, TSC2, VHL.
Adicionales	Exon skipping de MET y promotor de TERT.

Aplicaciones clínicas

Perfil molecular de tumores sólidos mediante biopsia líquida: caracterización integral y ultrasensible de tumores sólidos avanzados o metastásicos cuando el tejido tumoral no está disponible, es insuficiente o su obtención resulta altamente invasiva.

Monitoreo longitudinal dinámico: seguimiento en tiempo real de la evolución tumoral, monitorización de la carga tumoral y de la enfermedad residual mínima (MRD).

Identificación de mecanismos de resistencia: detección precoz de clones resistentes y mutaciones adquiridas durante la terapia dirigida, como mutaciones emergentes en ESR1 en cáncer de mama en tratamiento con inhibidores de la aromatasa.

Filtro avanzado somático-germinal-CHIP: exclusión robusta de mutaciones de hematopoyesis clonal (CHIP) en oncogenes y genes supresores tumorales, como TP53 o DNMT3A, que suelen confundirse con mutaciones tumorales verdaderas en ensayos sin control normal de WBC.

Beneficios

Enfoque tumor-normal integrado: filtra de forma precisa variantes germinales y mutaciones de hematopoyesis clonal (CHIP). Sin este control, hasta un 23,9% de las variantes reportadas en plasma de pacientes oncológicos pueden corresponder en realidad a CHIP o línea germinal, siendo mal clasificadas como somáticas o patogénicas en bases de datos externas de tumor-only.

Ultrasensibilidad analítica validada: consigue una concordancia del 99,3% (PPA) frente a la versión centralizada de MSK-ACCESS en el MSKCC, operando a un LOD del 0,5% de VAF.

Códigos de barras CUMIN®: máxima precisión y supresión de falsos positivos mediante lecturas consenso en datos de ultra-profundidad (~20.000x).

Público/usuario previsto

Laboratorios de diagnóstico molecular de alta tecnología, servicios de oncología médica hospitalarios, centros de medicina de precisión e instituciones dedicadas a investigación clínica traslacional y ensayos clínicos que requieran realizar biopsia líquida ultrasensible con el rigor de exclusión de CHIP del Memorial Sloan Kettering Cancer Center.

Aspectos clave

Perfil molecular ultrasensible centrado en un panel óptimo de 147 genes clave asociados al cáncer, diseñados a partir del mapa genómico de más de 25.000 tumores analizados por el MSKCC.

Detección a nivel de ADN de SNVs/Indels (147 genes), CNVs (71 genes), fusiones de base intrónica (10 genes), promotor de TERT y MET exón 14 skipping.

Enfoque tumor-normal apareado: requiere de forma estandarizada >20 ng de cfDNA de plasma y >50 ng de gDNA normal de leucocitos (WBC), consumiendo la muestra normal solo el 10% del espacio de secuenciación.

Tecnología CUMIN® de códigos de barra moleculares exclusiva de SOPHiA DDM™ para una alta especificidad analítica (99,999%) y un LOD analítico de 0,5% VAF.

Alta reproducibilidad interlaboratorio e intralaboratorio, con una concordancia global R² = 0,97.

Métricas de secuenciación robustas: cobertura molecular duplex mediana superior a 1200x, tasa de lecturas on-target de 89,5% (cfDNA) y 89,0% (WBC), y uniformidad de cobertura molecular de 95%.

Compatibilidad validada con secuenciadores Illumina (NovaSeq 6000, NovaSeq X y NextSeq 2000), Complete Genomics DNBSEQ-T7 y Element Biosciences AVITI.

Acceso bioinformático directo desde el visor a OncoKB™ y OncoPortal™ de SOPHiA DDM™ para preclasificación automatizada y soporte en la asignación terapéutica.

Detalles de presentación

Nombre comercial

MSK-ACCESS® powered with SOPHiA DDM™.

Tipo de producto

Bundle solution (reactivos de wetlab + créditos analíticos en plataforma web cloud SOPHiA DDM™).

Familia de producto

Solución de biopsia líquida descentralizada por NGS.

Código de producto

BS2549ILLRSDY14-32.

Tipo de muestra

cfDNA (plasma sanguíneo) y gDNA (leucocitos WBC de capa leucocitaria / buffy coat).

¿Qué incluye la solución?

Reactivos de preparación de librerías SOPHiA GENETICS Universal Library Prep para ADN fragmentado.

Adaptadores específicos indexados compatibles con barcodes moleculares CUMIN®.

Sondas de hibridación y captura dirigida, con diseño MSK-ACCESS de 147 genes.

Acceso completo y créditos para análisis secundario y terciario en la plataforma SOPHiA DDM™.

Reactivos y materiales requeridos (no incluidos en el kit)

Tubos de extracción y conservación especializados (Streck Cell-Free DNA BCT®).

Kits de extracción y purificación específicos para cfDNA.

Kits de extracción de ADN genómico para WBC.

Equipos y reactivos de cuantificación fluorométrica y control de calidad de ácidos nucleicos (Qubit™, TapeStation™ o similar).

Reactivos específicos para secuenciación en plataformas Illumina y control Illumina PhiX v3.