Principio de funcionamiento
El protocolo se basa en la tecnología Anchored Multiplex PCR (AMP™), un método escalable que permite generar librerías enriquecidas en regiones específicas de interés en cuestión de horas. Esta tecnología emplea primers gen-específicos unidireccionales (GSPs) que capturan alteraciones conocidas y desconocidas. Los adaptadores de Archer contienen códigos de barras moleculares (Molecular Barcodes, MBCs) y secuencias índice, que posibilitan deduplicación de lecturas, corrección de errores y análisis cuantitativo de clonotipos. Los datos generados deben procesarse con el software Archer™ Analysis, que realiza alineamiento de alta confianza, detección de clonotipos y reporte de mutaciones a partir de archivos FASTQ demultiplexados.
Aplicaciones
Uso exclusivo en investigación para el estudio de la diversidad y clonotipos de receptores de células T. Permite aplicaciones como:
- Caracterización de la diversidad del repertorio TCR.
- Estudios de clonotipos en muestras de sangre periférica, tejido fresco-congelado o FFPE.
- Detección de clones expandidos en PBMCs y TILs.
Beneficios
- Permite generar librerías listas para secuenciación en pocas horas, con un protocolo sencillo gracias a sus reactivos predispensados en tiras de tubos utilizando códigos de color.
- Alto rendimiento incluso a partir de baja cantidad de ácido nucleico de partida.
- Compatible con una amplia variedad de tipos de muestra (PBMC, tejido fresco-congelado, FFPE).
- Incluye puntos de parada seguros en varias etapas del flujo de trabajo, lo que facilita la planificación experimental.
- El uso de MBCs asegura detección robusta de clonotipos únicos y minimiza artefactos por errores de PCR o secuenciación.
- Permite el procesamiento de muestras individuales, eliminando la espera para la acumulación de las mismas.
Resultados o indicadores clave
- Producción de bibliotecas con alta complejidad y representatividad del repertorio TCR.
- Métricas de secuenciación y número de observaciones únicas por clonotipo reportadas en Archer Analysis.
- Corrección robusta de errores y eliminación de duplicados.
Tecnología utilizada
Basada en la química AMP™ (Anchored Multiplex PCR) combinada con adaptadores con códigos de barras moleculares (MBCs) y un sistema de doble indexación para multiplexado de muestras en plataformas Illumina.
Público/usuario previsto
Investigadores en inmunología, oncología e inmuno-oncología que requieran caracterizar repertorios TCR a nivel molecular mediante NGS en plataformas Illumina.
Consideraciones o limitaciones
Producto de uso exclusivo en investigación. No diseñado ni validado para aplicaciones diagnósticas clínicas.
Aspectos Clave
- Tecnología AMP™ para enriquecimiento de alteraciones conocidas y desconocidas.
- Adaptadores MBC con índices duales para deduplicación y clonotipado confiable.
- Kits en formato liofilizado, fáciles de manipular y almacenar.
- Compatible con MiSeq® y NextSeq® (mínimo 300 ciclos).
- Puntos de parada seguros durante el flujo de trabajo.
- Integración con el software Archer™ Analysis para reporte completo y transparente.
Detalles de Presentación
El Kit Archer IMMUNOVerse TCR panel contiene reactivos liofilizados suficientes para 8 reacciones en formato de tiras de 8 tubos.
Componentes principales (almacenamiento a 2-8ºC):
- TCR Specific RT Priming (SA0201)
- First Strand cDNA Synthesis (SA0002)
- Second Strand cDNA Synthesis (SA0003)
- End Repair (SA0204)
- Ligation Step 1, 2.0 (SA0202)
- Ligation Step 2 (SA0197)
- First PCR Illumina-HS (SA0359)
- Second PCR Reactions 1–8 Illumina-HS (SA0360)
- Ligation Cleanup Beads (SA0210)
- Ligation Cleanup Buffer (SA0209)
Componentes adicionales (almacenamiento -30 °C a -10 °C):
- Immunoverse GSPs (TCR).
Se requieren materiales adicionales no incluidos en el kit, pero que son suministrados proporcionalmente por Diagnóstica Longwood. Entre ellos: adaptadores Archer MBC para Illumina, beads AMPure® XP, kits de cuantificación (KAPA Universal Library Quantification), Qubit®, y kits de reactivos de Illumina (MiSeq®/NextSeq® ≥300 ciclos).
