Illumina Microbial Amplicon Prep (IMAP)

Solución de preparación de librerías por amplicones para NGS orientada a vigilancia de salud pública e investigación microbiológica. Admite ADN o ARN, así como cebadores diseñados por el usuario o comerciales, con compatibilidad con múltiples tipos de muestra y con casi todos los sistemas de secuenciación de Illumina.

Descripción Detallada

Principio de funcionamiento

Kit de preparación de librerías basado en amplicones y construido sobre la misma química que COVIDSeq. El flujo integra, según el tipo de muestra, conversión a ADNc para dianas de ARN, amplificación por PCR multiplex, tagmentación, amplificación de librerías, limpieza con perlas e indexación. Tras la secuenciación, los datos pueden analizarse con DRAGEN Targeted Microbial en BaseSpace Sequence Hub para alineamiento, llamada de variantes y generación de secuencias consenso.

Aplicaciones

La documentación lo sitúa en vigilancia genómica de enfermedades infecciosas, salud pública e investigación microbiológica. Se menciona su uso para secuenciación del genoma completo viral, análisis de marcadores de resistencia antimicrobiana, identificación bacteriana y fúngica, detección de variantes, clasificación de linajes/estirpes y seguimiento de patógenos a lo largo del tiempo y entre distintas zonas geográficas.

Beneficios

Ofrece un flujo de trabajo rápido y optimizado, con un tiempo total de ensayo < 9 horas y un tiempo de manipulación de aproximadamente 3 horas para 48 muestras. Admite una preparación escalable de 1 a 48 muestras, entradas de ARN o ADN y compatibilidad con automatización mediante robots de manejo de líquidos.

Resultados o indicadores clave

En la nota de aplicación para vigilancia viral, Illumina resume una cobertura genómica integral en los virus evaluados, definida como > 90 % del genoma viral cubierto a ≥ 10×. Para arbovirus, se informan medianas de cobertura a ≥ 10× del 80 % y 96 % para chikungunya, 94 % y 98,5 % para dengue 1, y 97,2 % y 98,5 % para zika, con 500 y 5000 copias de entrada, respectivamente. En mpox se observó cobertura robusta con 1 millón de lecturas paired-end, aunque las muestras de bajo título mostraron menor cobertura; en hRSV A/B, ambos diseños de cebadores amplificaron los genomas, pero el amplicón más largo (~4300 pb) presentó menor profundidad de cobertura.

Tecnología utilizada

Emplea secuenciación por amplicones basada en PCR multiplex y NGS, con análisis secundario mediante DRAGEN Targeted Microbial. Es compatible con cebadores publicados, comerciales o diseñados en el laboratorio; la documentación recomienda amplicones de 400 pb como punto de partida, aunque pueden utilizarse amplicones más largos según la diana. Las librerías pueden secuenciarse en múltiples plataformas Illumina; la hoja de datos recomienda longitudes de lectura de 2 × 101 pb y 2 × 151 pb.

Requisitos de entrada y muestra

Compatible con ADN o ARN extraídos de cultivos microbianos, hisopos nasofaríngeos, cutáneos o nasales, aguas residuales y otras fuentes. La cantidad de entrada varía según el origen de la muestra. El protocolo aporta como guía de pureza A260/280 de 2,0–2,2 para ARN y 1,8–2,0 para ADN, y A260/230 de 2,0–2,2 para ambos. Para entradas constituidas solo por ARN purificado, Illumina recomienda tratamiento con DNasa durante la purificación.

Público/usuario previsto

Dirigido a laboratorios e investigadores de salud pública, microbiología y enfermedades infecciosas que requieran secuenciación dirigida de microorganismos para vigilancia y caracterización genómica. La documentación lo clasifica como para uso exclusivo en investigación y no apto para procedimientos diagnósticos.

Consideraciones o limitaciones

Los cebadores específicos de diana no están incluidos y deben adquirirse por separado; su diseño influye directamente en el rendimiento del ensayo. Illumina recomienda trabajar con ácidos nucleicos de alta calidad y señala que las sustituciones en sitios de unión de cebadores pueden reducir la cobertura o provocar dropout de amplicones. También indica que las muestras de bajo título pueden no alcanzar cobertura completa y que algunos objetivos pueden requerir ajustes del protocolo, del diseño de cebadores o de las condiciones de PCR. Los protocolos aportados por clientes en la web se ofrecen solo con fines informativos y no implican validación ni soporte por parte de Illumina.

Aspectos Clave

Preparación de librerías por amplicones para vigilancia microbiológica y salud pública.

Compatible con ADN y ARN y con una amplia variedad de tipos de muestra.

Admite cebadores diseñados por el usuario, publicados o comerciales.

Flujo de trabajo rápido: < 9 h de ensayo y ~3 h de manipulación para 48 muestras.

Preparación escalable de 1 a 48 librerías indexadas.

Integración con DRAGEN Targeted Microbial para alineamiento, variantes y genoma consenso.

Rendimiento demostrado en virus de ARN y ADN, con cobertura amplia en los ejemplos evaluados.

Detalles de Presentación

Formato

Kit para 48 muestras. La documentación describe hasta 48 librerías dirigidas e indexadas de forma única.

Contenido funcional del kit

Reactivos para conversión a ADNc, amplificación, tagmentación, limpieza/purificación de librerías e indexación. Los oligonucleótidos de cebadores se adquieren por separado.

Desglose del contenido según el protocolo

Box 1: Illumina Purification Beads (IPB) y Stop Tagment Buffer 2 (ST2). Box 2: Enrichment BLT (EBLTS) y Tagmentation Wash Buffer (TWB). Box 3: Elution Prime Fragment 3HC Mix (EPH3), Enhanced PCR Mix (EPM), First Strand Mix (FSM), Illumina PCR Mix (PM), Resuspension Buffer (RSB), Reverse Transcriptase (RVT) y Tagmentation Buffer 1 (TB1). Box 4: Illumina Unique Dual Indexes, LT.

Referencia comercial

Illumina Microbial Amplicon Prep (48 samples)	Cat. 20097857
Illumina Unique Dual Indexes, LT	Cat. 20098166

Área:

Bacterias, Hongos, Microbiología, Virus

Tecnología:

Secuenciación masiva (NGS)

Marca:

Illumina

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