¿Qué es la transcriptómica?
El genoma es como un libro de instrucciones. Pero no todas las instrucciones se leen ni se ejecutan al mismo tiempo. Ahí es donde entra la transcriptómica: esta disciplina estudia el conjunto de ARN mensajeros que se producen en una célula en un momento dado. Dicho de otro modo, analiza qué genes están “hablando” y cómo.
Gracias al análisis de ARN, podemos saber qué mensajes genéticos están activos en una muestra de tejido, en un paciente concreto y en tiempo real. Esto ofrece una visión dinámica y funcional que complementa el análisis del ADN ya que a menudo, el análisis del ADN no basta para identificar la causa genética.
La secuenciación de lecturas largas: una revolución en transcriptómica
Os estaréis preguntando: ¿cómo se analiza este ARN?
Hasta ahora, para poder estudiar estas variaciones, una de las técnicas más usadas era la secuenciación de nueva generación o NGS, que permite analizar simultáneamente un número muy elevado de fragmentos genéticos para interpretar lo que está ocurriendo en las células. Pero en el diagnóstico molecular, cada base cuenta, y los fragmentos analizados por NGS a veces son tan pequeños que se puede perder parte de la información.
Por eso, las tecnologías de lectura larga (long-read sequencing) están revolucionando la forma en que detectamos, comprendemos y tratamos enfermedades complejas. Esta tecnología es capaz de analizar fragmentos genéticos de un tamaño mucho mayor y nos ayuda a tener este extra de información.
Se trata de una de las herramientas más prometedoras en el diagnóstico de enfermedades raras y un avance clave ya que muchas familias sin diagnóstico definido ahora pueden obtener resultados más precisos. Una de las grandes ventajas de esta tecnología es su capacidad para identificar variantes en regiones genómicas complejas, como las zonas repetitivas, que otros métodos no pueden resolver. Sin embargo, las capacidades de estas tecnologías van más allá del ADN.
Un estudio reciente publicado en Nature Reviews por investigadores del I2SysBio (Valencia) aborda una revisión del impacto de la secuenciación de fragmentos largos en el campo de la transcriptómica.
La secuenciación de ARN de lecturas largas (lrRNA-seq) está transformando el análisis transcriptómico, ofreciendo una visión más precisa y completa de la expresión génica. Todo ello conducirá a una mejora en las tasas de diagnóstico.
¿Qué ventajas aporta la secuenciación de moléculas de ARN completas?
- Facilita la distinción entre transcritos muy similares, incluyendo genes altamente polimórficos y genes recombinantes.
- Permite la identificación de isoformas novedosas, eventos de splicing alternativo y transcritos de fusión.
- Permite la detección directa de modificaciones epi-transcriptómicas en la molécula de RNA.
- Preserva la continuidad de los exones.
- Proporciona mayor poder para el análisis de expresión diferencial de transcritos con un número equivalente de lecturas.
- Identifica nuevas fusiones génicas y análisis de desequilibrio alélico.
- Exploración de nuevas aplicaciones como lrRNA-seq naciente y/o ribosomal para obtener información adicional sobre la regulación génica.
- Contribuye a mejorar las anotaciones genómicas proporcionando información completa.
Sin embargo, como en todo nuevo avance, aún queda camino por recorrer y aún faltan varios puntos de mejora como la elaboración de protocolos estandarizados, tanto en la parte técnica como en el análisis bioinformático.
Eleva el estándar de tu laboratorio con nuestras líneas de productos especializados
La comprensión del transcriptoma ha experimentado un avance decisivo en los últimos años gracias a los progresos en secuenciación de lrRNA-seq. Sin embargo, el potencial de esta tecnología se multiplica cuando se combina con estrategias de captura dirigida, capaces de enriquecer regiones específicas del ARN y revelar detalles funcionales hasta ahora difíciles de alcanzar.
Estas aproximaciones, permiten no solo cuantificar genes, sino también detectar isoformas completas, eventos de splicing alternativo, fusiones génicas inesperadas y patrones de expresión propios de determinados tipos celulares o tejidos. Esta capacidad de profundizar en la diversidad transcripcional abre nuevas posibilidades tanto en investigación básica como en aplicaciones clínicas.
El desarrollo de herramientas cada vez más precisas y flexibles está elevando el estándar de lo que es técnicamente posible en un laboratorio.
Tecnologías de captura como las empleadas por compañías especializadas como Twist Biosciences permiten, además, adaptar los paneles a las necesidades concretas de cada proyecto, ya sea partiendo de ADN o ARN.
Gracias a esta tecnología, el diagnóstico genético de enfermedades raras está dando un salto cualitativo, permitiendo a los profesionales médicos ofrecer resultados clínicamente relevantes de forma rápida.
- Captura eficiente incluso con muestras muy degradadas (FFPE)
- Sensibilidad alta para transcritos de baja expresión
- Excelente correlación con resultados clínicos previos (ADN y ARN)
- Compatible con flujos de trabajo personalizados para investigación traslacional
- Ideal para integrar en laboratorios con necesidad de optimizar recursos
Sin embargo, pese a todos los avances logrados con esta metodología, siguen existiendo desafíos a tener en cuenta: la integridad del ARN es crucial por lo que actualmente no son protocolos viables en muestras altamente degradadas como FFPE, los pipelines bioinformáticos aún no están bien establecidos y se necesita desarrollar las herramientas computacionales existentes para optimizar el manejo de los datos.
¿Por qué integrar estas tecnologías en tu laboratorio?
La versatilidad de esta tecnología permite su aplicación en múltiples contextos clínicos y de investigación:
- 🔬 Oncología
Detección de transcritos de fusión, análisis de firmas transcriptómicas, cuantificación precisa en tejido tumoral mixto o con bajo porcentaje celular. - 🧠 Neurociencias
Caracterización de isoformas cerebrales específicas y estudios de splicing diferencial en enfermedades neurodegenerativas o del desarrollo. - 🧪 Farmacogenómica y medicina personalizada
Evaluación funcional de variantes de RNA, detección de alteraciones en la expresión de genes relacionados con la respuesta a fármacos. - 🧬 Enfermedades raras
Identificación de eventos de splicing patológicos o isoformas no anotadas que explican fenotipos clínicos complejos. - 🧫 Célula única y transcriptómica espacial
Análisis de isoformas en tejidos heterogéneos, con resolución anatómica o a nivel de célula única.
¿Estás listo para llevar tu análisis transcriptómico al siguiente nivel?
Gracias a estos avances, podemos mirar al ARN no como un simple intermediario del ADN, sino como una fuente inagotable de información funcional. Ya no se trata solo de saber qué genes están ahí, sino cómo se están expresando, en qué forma y en qué contexto.
En Diagnostica Longwood somos partners de Twist Bioscience y te acompañamos en la implementación de esta tecnología en tu laboratorio o unidad de investigación.
Si trabajas en investigación traslacional, diagnóstico oncológico o medicina personalizada, visita nuestra sección de productos de RNA-seq para más información:
- RNA Sequencing Solutions | Twist Bioscience
- Twist RNA Sequencing Workflow Solutions | Twist Bioscience
Bibliografía:
- Monzó, C., Liu, T. & Conesa, A. Transcriptomics in the era of long-read sequencing. Nat Rev Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41576-025-00828-z
- Trending Applications in RNA Sequencing. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2024). Trending Applications in RNA Sequencing | Twist Bioscience
- Unleashing the Power of RNA-seq: Optimizing with Twist Solutions. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2023). Unleashing the Power of RNA-seq | Twist Bioscience
- Targeting Molecular Chimeras with RNA Sequencing. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2023). Targeting Molecular Chimeras with RNA Sequencing | Twist Bioscience
