¿Qué es la transcriptómica?
El genoma puede imaginarse como un libro de instrucciones, pero no todas las páginas se leen ni se ejecutan al mismo tiempo. Ahí es donde entra en juego la transcriptómica, la disciplina que estudia el conjunto de ARN mensajeros (ARNm) que se producen en una célula en un momento determinado. Dicho de otro modo, analiza qué genes están “hablando” y cómo lo hacen.
El análisis de ARN permite conocer qué mensajes genéticos están activos en una muestra de tejido de un paciente concreto y en tiempo real. Esta visión dinámica y funcional complementa al análisis del ADN, que a menudo no basta para identificar la causa genética de determinadas enfermedades.
La secuenciación de lecturas largas: una revolución en transcriptómica
Quizá se pregunte: ¿cómo se estudia este ARN? Hasta ahora, la herramienta estándar ha sido la secuenciación de nueva generación (NGS), capaz de analizar simultáneamente un número muy elevado de fragmentos de material genético. Sin embargo, en diagnóstico molecular cada base cuenta, y el tamaño reducido de los fragmentos de NGS puede hacer que se pierda información relevante.
Por ello, las tecnologías de lectura larga (long-read sequencing) están transformando la forma en que detectamos, comprendemos y tratamos enfermedades complejas. Esta técnica permite analizar fragmentos de gran tamaño y aporta una resolución adicional que antes no estaba al alcance.
En el ámbito clínico, este avance es especialmente relevante en el diagnóstico de enfermedades raras, ya que posibilita resultados más precisos para familias que hasta ahora carecían de un diagnóstico definitivo. Una de las grandes ventajas de esta tecnología es su capacidad para identificar variantes en regiones genómicas complejas, como las zonas repetitivas, inaccesibles con otros métodos.
Un reciente artículo publicado en Nature Reviews por investigadores del I2SysBio (Valencia) revisa el impacto de esta tecnología en transcriptómica. La secuenciación de ARN de lecturas largas (lrRNA-seq) ofrece una visión más completa y precisa de la expresión génica, con un claro potencial para mejorar las tasas de diagnóstico.
Este trabajo pone de relieve múltiples ventajas, entre ellas:
- Facilita la distinción entre transcritos muy similares, incluyendo genes altamente polimórficos y genes recombinantes.
- Permite la identificación de isoformas novedosas, eventos de splicing alternativo y transcritos de fusión.
- Permite la detección directa de modificaciones epi-transcriptómicas en la molécula de RNA.
- Preserva la continuidad de los exones.
- Proporciona mayor poder para el análisis de expresión diferencial de transcritos con un número equivalente de lecturas.
- Identifica nuevas fusiones génicas y análisis de desequilibrio alélico.
- Exploración de nuevas aplicaciones como lrRNA-seq naciente y/o ribosomal para obtener información adicional sobre la regulación génica.
- Contribuye a mejorar las anotaciones genómicas proporcionando información completa.
Como todo nuevo avance, aún existen retos pendientes: desde la necesidad de protocolos técnicos estandarizados hasta el desarrollo de herramientas bioinformáticas más robustas para gestionar e interpretar los datos.
Eleve el estándar de tu laboratorio con nuestras soluciones
El estudio del transcriptoma ha avanzado de forma decisiva gracias a la lrRNA-seq. Su potencial se multiplica al combinarse con estrategias de captura dirigida, que enriquecen regiones específicas del ARN y revelan detalles funcionales antes inaccesibles.
Estas aproximaciones permiten no solo cuantificar genes, sino también detectar isoformas completas, eventos de splicing alternativo, fusiones génicas inesperadas y patrones de expresión característicos de distintos tejidos o tipos celulares. Así, la diversidad transcripcional se convierte en un recurso clave para investigación y aplicaciones clínicas.
Compañías como Twist Bioscience han desarrollado tecnologías de captura que, además de ser altamente precisas, ofrecen la posibilidad de adaptar paneles a proyectos concretos. Esto abre la puerta a estudios avanzados tanto en ADN como en ARN, incluso en regiones genómicas de difícil acceso con metodologías convencionales.
Entre sus principales ventajas destacan:
- Captura eficiente incluso en muestras degradadas (FFPE).
- Alta sensibilidad para transcritos de baja expresión.
- Excelente correlación con resultados clínicos previos (ADN y ARN).
- Compatibilidad con flujos de trabajo personalizados en investigación traslacional.
- Optimización de recursos en laboratorios clínicos y de investigación.
Pese a ello, todavía persisten desafíos: la integridad del ARN sigue siendo crítica, los protocolos no siempre son viables en muestras muy degradadas y la bioinformática requiere desarrollos adicionales para alcanzar todo su potencial.
¿Por qué integrar estas tecnologías en tu laboratorio?
La versatilidad de estas soluciones permite su aplicación en múltiples áreas:
- 🔬 Oncología
Detección de transcritos de fusión, análisis de firmas transcriptómicas y cuantificación precisa en tejidos tumorales mixtos. - 🧠 Neurociencias
Caracterización de isoformas cerebrales específicas y análisis de splicing en enfermedades neurodegenerativas o del desarrollo. - 🧪 Farmacogenómica y medicina personalizada
Evaluación funcional de variantes de ARN y de genes relacionados con la respuesta a fármacos. - 🧬 Enfermedades raras
Identificación de eventos de splicing patológicos e isoformas no anotadas que explican fenotipos clínicos. - 🧫 Célula única y transcriptómica espacial
Estudio de isoformas con resolución anatómica o a nivel unicelular en tejidos heterogéneos.
¿Está listo para llevar su análisis transcriptómico al siguiente nivel?
Estos avances permiten mirar al ARN no como un simple intermediario del ADN, sino como una fuente inagotable de información funcional. Ya no se trata únicamente de identificar qué genes están presentes, sino de comprender cómo se expresan, en qué formas y bajo qué contexto.
En Diagnóstica Longwood, como partners de Twist Bioscience, le acompañamos en la implementación de estas tecnologías avanzadas. Si trabaja en investigación traslacional, diagnóstico oncológico o medicina personalizada, puede consultar más información en:
RNA Sequencing Solutions | Twist Bioscience
Twist RNA Sequencing Workflow Solutions | Twist Bioscience
Bibliografía
- Monzó, C., Liu, T. & Conesa, A. Transcriptomics in the era of long-read sequencing. Nat Rev Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41576-025-00828-z
- Trending Applications in RNA Sequencing. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2024) Trending Applications in RNA Sequencing | Twist Bioscience
- Unleashing the Power of RNA-seq: Optimizing with Twist Solutions. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2023). Unleashing the Power of RNA-seq | Twist Bioscience
- Targeting Molecular Chimeras with RNA Sequencing. Twist Bioscience, nota de aplicación técnica (2023). Targeting Molecular Chimeras with RNA Sequencing | Twist Bioscience
