Homologous Recombination Deficiency (HRD) Solution

Solución basada en secuenciación de nueva generación (NGS) y secuenciación genómica completa de baja cobertura (low-pass WGS) para la determinación del estado de deficiencia de recombinación homóloga (HRD) en cáncer de ovario.

Descripción detallada

Principio de funcionamiento

Es una solución integral, disponible como diagnóstico in vitro CE-IVD y como producto RUO, diseñada para ayudar a determinar el estado HRD de los tumores en pacientes con cáncer de ovario.

Descripción de la solución para la determinación del estado HRD

La solución integra dos componentes biológicos complementarios: la evaluación de alteraciones en 28 genes implicados en la vía de reparación por recombinación homóloga (HRR), incluyendo BRCA1 y BRCA2, y el estado de inestabilidad genómica (Genomic Instability, GI), calculado a partir de perfiles genómicos de baja cobertura mediante low-pass WGS.

El flujo de trabajo combina captura dirigida y low-pass WGS a partir de ADN extraído de tejido FFPE, utilizando una preparación universal de librerías (Universal Library Prep).

Flujo de trabajo de captura dirigida y low-pass WGS

El análisis bioinformático se lleva a cabo en la plataforma descentralizada SOPHiA DDM™. Los perfiles genómicos se analizan mediante GIInger™, un algoritmo basado en deep learning entrenado para reconocer firmas genómicas características de tumores con alteraciones en los mecanismos de reparación.

A partir de estos patrones, el sistema clasifica la muestra como HRD positiva o HRD negativa. Simultáneamente, el análisis del panel de 28 genes, proporcionado como soporte para decisión clínica (CDS), permite detectar SNVs, Indels, amplificaciones —como el biomarcador CCNE1—, deleciones génicas completas y CNVs a nivel génico y de exón.

Análisis bioinformático y clasificación del estado HRD

Aplicaciones clínicas

Esta herramienta está destinada a determinar el estado HRD y evaluar la inestabilidad genómica tumoral mediante NGS en pacientes con cáncer de ovario.

Su aplicación principal es la identificación precisa de las pacientes que podrían beneficiarse de terapias dirigidas basadas en inhibidores de PARP (PARPi). La solución apoya la toma de decisiones clínicas mediante una evaluación objetiva y estandarizada que complementa el análisis clásico de genes HRR.

Aplicación clínica de la evaluación HRD en cáncer de ovario

Beneficios

Solución descentralizada que permite a los laboratorios realizar localmente el análisis. Evaluación fiable y automatizada del estado HRD, reduciendo los posibles sesgos de interpretación. Plataforma web intuitiva SOPHiA DDM™ para la carga, el análisis y la revisión rápida de resultados. Reducción del tiempo de manipulación mediante un flujo de trabajo optimizado y automatizable. Almacenamiento seguro e ilimitado de datos en la nube, sin necesidad de infraestructura informática local adicional. Generación rápida de informes clínicos claros e interpretables. Soporte técnico y bioinformático especializado para facilitar una implementación y una operación rutinaria satisfactorias.

Público y usuario previsto

Laboratorios clínicos de genética y oncología molecular implicados en el diagnóstico, manejo y toma de decisiones terapéuticas para pacientes con cáncer de ovario.

Consideraciones adicionales

Validado para ADN procedente de muestras de cáncer de ovario. El rendimiento analítico ha sido verificado con secuenciadores Illumina® NextSeq® 500/550. Aunque la solución es compatible con datos generados en NovaSeq™ X, la validación analítica se realizó con NextSeq® 500/550. La calidad del resultado HRD depende de parámetros como la cobertura, el contenido tumoral y la calidad del ADN. Las muestras con una relación señal/ruido reducida, baja cobertura o contenido tumoral insuficiente pueden generar resultados inconclusos o indeterminados. Los resultados GI Negative representan llamadas negativas de confianza intermedia asociadas a un mayor riesgo de falsos negativos, habitualmente relacionado con un contenido tumoral bajo. La solución permite evaluar amplificaciones del gen CCNE1, un biomarcador que puede contribuir a la interpretación biológica de tumores HRD negativos. El sistema calcula el número de copias génicas y considera amplificado un gen cuando el número estimado de copias es superior a 3,25. El análisis del panel génico se proporciona como soporte para decisión clínica (CDS) y no forma parte de la reivindicación CE-IVD del producto. El tiempo de análisis puede variar según el número de muestras procesadas simultáneamente y la carga del sistema. La disponibilidad regulatoria depende del país o región.

Interpretación del resultado

Un resultado inconcluso, indeterminado o GI Negative debe interpretarse teniendo en cuenta la cobertura, el contenido tumoral, la calidad del ADN y el resto de los hallazgos moleculares.

Aspectos clave

Requerimiento mínimo de entrada de 50 ng de ADN procedente de tejido tumoral de cáncer de ovario FFPE. Concordancia global del 94,4 % frente a ensayos NGS comparadores, con una repetibilidad y reproducibilidad analítica del 100 %. Incorporación de métricas automáticas de control de calidad: cobertura del panel superior a 100×, cobertura de BRCA1/BRCA2 superior a 100× y uniformidad de cobertura de BRCA. Análisis bioinformático en menos de 8 horas desde la obtención de los archivos FASTQ. Flujo de trabajo completo aproximado de 3,5 días, desde la extracción de la muestra hasta el informe final. Compatibilidad analítica verificada con secuenciadores Illumina® NextSeq® 500/550 e Illumina® 1k/2k. También es compatible con datos generados en NovaSeq™ X. Protocolo automatizable mediante sistemas de manipulación de líquidos como Hamilton® NGS STAR y Hamilton® Clinical STARlet. Reconocido por la ESMO como método validado para la detección de HRD.

Detalles de presentación

Nombre comercial	Homologous Recombination Deficiency (HRD) Solution
ID de producto (CE-IVD)	BS0121ILLCSMY08-32
ID de producto (RUO)	BS0127ILLRSMY10-16 BS0127ILLRSMY10-32 BS0127ILLRSMY10-48
Tipo de muestra	ADN extraído de tejido tumoral fijado en formol y embebido en parafina (FFPE).

¿Qué incluye la solución?

Reactivos SOPHiA GENETICS Universal Library Prep para la preparación de librerías a partir de ADN fragmentado. Sondas de hibridación y captura dirigida. Acceso completo y créditos para el análisis secundario y terciario en la plataforma SOPHiA DDM™.

Reactivos y materiales requeridos no incluidos en el kit

Kits de extracción de ADN para muestras FFPE. Equipos y reactivos para cuantificación fluorométrica y control de calidad de ácidos nucleicos, como Qubit™, TapeStation™ o sistemas equivalentes. Reactivos específicos para secuenciación en plataformas Illumina y control Illumina PhiX v3.

Área:

HRD, Sistema Reproductor, Tumor sólido

Tecnología:

Secuenciación masiva (NGS)

Marca:

SOPHIA Genetics

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