Illumina COVIDSeq

3.- Descripción Detallada

Principio de funcionamiento

Illumina COVIDSeq se integra en un flujo de trabajo completo para la detección y caracterización del SARS-CoV-2, desde el aislamiento del ARN hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y el análisis bioinformático. El proceso comprende el anillamiento del ARN extraído mediante hexámeros aleatorios, la síntesis de la primera hebra de ADNc, la amplificación del material en dos reacciones de PCR, la tagmentación de los amplicones, la limpieza posterior, la incorporación de índices i7 e i5, así como la conformación del pool y la limpieza final de las bibliotecas, con el objetivo de generar bibliotecas listas para secuenciación a partir de muestras de SARS-CoV-2.

Aplicaciones clínicas

La documentación sitúa este ensayo en el ámbito de la secuenciación del ARN del SARS-CoV-2 y de la vigilancia de las características del genoma viral, permitiendo identificar, seguir y monitorizar la aparición y prevalencia de nuevas variantes, estirpes y linajes a partir de muestras procedentes de hisopos nasofaríngeos, orofaríngeos y nasales. Su aplicación se orienta a entornos de investigación e investigación clínica vinculados a vigilancia genómica.

Beneficios

Entre sus principales ventajas destaca su flujo de trabajo integrado y optimizado, diseñado para adaptarse con flexibilidad a distintos entornos de laboratorio, especialmente en investigación e investigación clínica, al combinar en un único proceso la preparación de bibliotecas, la secuenciación y el análisis de datos. A ello se suma su idoneidad para estrategias de vigilancia descentralizada del SARS-CoV-2 y su capacidad para ofrecer una cobertura uniforme del genoma viral, con especial relevancia en la región de la proteína de la espícula, clave para la caracterización de variantes. Como resultado, el ensayo permite la detección del SARS-CoV-2, el alineamiento frente al genoma de referencia, la llamada de variantes, la generación de secuencias consenso y la asignación de linajes y subtipos virales.

Resultados o indicadores clave

Illumina COVIDSeq proporciona una cobertura uniforme del genoma del SARS-CoV-2, con especial solidez en la región de la proteína S, clave para la identificación y caracterización de variantes. La documentación de Illumina muestra que los cebadores ARTIC v5.4.2 mejoran la cobertura de las nuevas variantes de Ómicron, especialmente en la región de la espícula, lo que favorece una caracterización más completa y precisa de las variantes emergentes. Illumina indica que las estrategias de secuenciación paired-end mejoran el rendimiento frente a la lectura simple y que, en las muestras evaluadas, es posible alcanzar coberturas genómicas ≥ 99 % con configuraciones de 2 × 76 pb o superiores y profundidades de al menos 1 millón de lecturas por muestra, lo que refuerza la fiabilidad del ensayo para programas de vigilancia genómica y seguimiento de linajes virales.

Tecnología utilizada

Se trata de un ensayo de secuenciación de nueva generación (NGS) basado en amplicones que incluye los reactivos necesarios para la conversión del ARN a ADNc, la amplificación y la preparación de bibliotecas, e incorpora los cebadores ARTIC v5.4.2 para la detección y caracterización del SARS-CoV-2. En lo que respecta al análisis bioinformático, el flujo COVIDSeq se apoya en las herramientas DRAGEN de Illumina en BaseSpace Sequence Hub como , que permiten alinear las lecturas frente a un genoma de referencia, realizar la llamada de variantes, generar una secuencia consenso y obtener información de linaje y subtipo para aplicaciones de vigilancia genómica.

Público/usuario previsto

Este ensayo está orientado a laboratorios que necesitan una solución de secuenciación SARS-CoV-2 que trabajan en investigación clínica, caracterización genómica y vigilancia de variantes, especialmente en entornos que emplean plataformas de secuenciación Illumina y requieren un flujo de trabajo estructurado desde la preparación de bibliotecas hasta el análisis bioinformático.

Consideraciones o limitaciones

El producto es para uso exclusivo en investigación y no debe emplearse en procedimientos diagnósticos. La calidad preanalítica de la muestra, incluidas las condiciones de recogida, transporte y almacenamiento, así como la fase de la infección y la posible degradación del ARN, pueden comprometer la detección del SARS-CoV-2, por lo que el protocolo requiere un control riguroso de la contaminación y una manipulación adecuada del material para preservar su integridad.

4.- Aspectos Clave

5.- Detalles de Presentación

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