Ensayo de secuenciación de nueva generación (NGS) con enriquecimiento por captura híbrida para la detección y la secuenciación de genoma completo de aproximadamente 200 virus de RNA y DNA relevantes para la salud pública. Integra preparación de bibliotecas, enriquecimiento, secuenciación y análisis de datos en un flujo de trabajo optimizado de alrededor de dos días.
Descripción Detallada
Principio de funcionamiento
El panel puede partir de RNA, DNA o ácido nucleico total extraído de muestras del huésped o ambientales. Cuando la muestra contiene RNA, este se desnaturaliza y se convierte en cDNA de doble cadena; posteriormente, el material se fragmenta mediante tagmentación con Bead-Linked Transposomes for Enrichment (EBLTL). Las bibliotecas se indexan con índices duales únicos, se agrupan y se someten a enriquecimiento por captura híbrida (hybrid-capture) con sondas que recubren los genomas virales diana para generar datos de secuenciación de genoma completo.
Aplicaciones clínicas
Está orientado a vigilancia genómica de brotes, vigilancia zoonótica, seguimiento de mutaciones y monitorización de variantes. El flujo de trabajo admite muestras clínicas y remanentes clínicas como plasma, suero, lesiones cutáneas y hisopos nasofaríngeos, así como muestras ambientales, incluidas aguas residuales, para vigilancia regional y detección temprana de secuencias virales.
Beneficios
Frente a la secuenciación metagenómica shotgun, el enriquecimiento por captura híbrida reduce la secuenciación innecesaria de material del huésped y de microorganismos no diana, disminuye la necesidad de profundidades de lectura elevadas, reduce costes y favorece un mayor rendimiento. Además, el documento indica que, frente a métodos dirigidos como la secuenciación por amplicones, la captura híbrida ofrece una cobertura más uniforme del genoma viral y mayor capacidad para identificar mutaciones y secuencias divergentes. El flujo es compatible con automatización, requiere poco tiempo de manipulación y puede completarse en aproximadamente dos días.
Resultados o indicadores clave
En muestras multivíricas preparadas con 1000 copias genómicas por reacción, el panel recuperó en promedio el 99,1 % del genoma de Human adenovirus E y el 99,4 % del genoma de Influenza A virus (H3N2), mientras que la secuenciación shotgun recuperó en promedio 1,9 % y 0 %, respectivamente. En muestras clínicas remanentes, todas las muestras enriquecidas con Viral Surveillance Panel v2 mostraron mayor sensibilidad de detección viral que shotgun metagenomics. En aguas residuales, también demostró mayor sensibilidad de detección en muestras complejas y con baja carga viral, incluso cuando la secuenciación shotgun incrementó aproximadamente seis veces el número total de lecturas.
Tecnología utilizada
Utiliza NGS con enriquecimiento diana por captura híbrida, tagmentación con EBLTL, indexación dual única de hasta 384 bibliotecas y análisis con DRAGEN Microbial Enrichment Plus App en BaseSpace Sequence Hub. El procesado bioinformático incluye control de calidad de muestra, alineamiento guiado por referencia frente a una base de datos viral curada, llamada de variantes, generación de secuencias consenso, predicción de resistencia antiviral para influenza A/B e integración con Pangolin y Nextclade para asignación filogenética en virus compatibles.
Público/usuario previsto
Este ensayo está orientado para organizaciones de salud pública e investigadores que necesiten vigilancia viral, caracterización de genomas virales y análisis de muestras complejas en contextos de investigación.
Consideraciones o limitaciones
Es un producto solo para uso en investigación y no para procedimientos diagnósticos. El protocolo está optimizado para 10–100 ng de RNA total purificado, DNA o ácido nucleico total; cantidades menores o material de peor calidad pueden reducir el rendimiento de la biblioteca. No se recomienda normalizar las muestras por masa igual; se recomienda usar el mismo volumen de ácido nucleico extraído por muestra. Se recomienda agrupar muestras con título viral similar; mezclar títulos muy dispares puede sesgar los resultados. En muestras complejas, como aguas residuales, pueden esperarse lecturas fuera de objetivo si hay otros ácidos nucleicos microbianos presentes.
Otra información técnica relevante
El flujo admite secuenciación en sistemas Illumina MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000 y NextSeq 2000. Para muestras de buena calidad, la recomendación general es un mínimo de 2 millones de lecturas por muestra con longitud de lectura 2 × 150 bp; para aguas residuales, el documento recomienda un mínimo de 8 millones de lecturas por muestra.
Aspectos Clave
Cobertura de aproximadamente 200 virus de RNA y DNA, incluyendo virus de alta relevancia para salud pública.
Enriquecimiento por captura híbrida para detección viral y secuenciación de genoma completo con menor exigencia de profundidad que shotgun metagenomics.
Compatible con muestras del huésped y ambientales, incluidas plasma, suero, lesiones cutáneas, hisopos nasofaríngeos y aguas residuales.
Flujo de trabajo integrado desde preparación de bibliotecas hasta análisis bioinformático en aproximadamente 2 días y con poco tiempo de manipulación.
Indexación dual única y capacidad de multiplexación de hasta 384 bibliotecas.
Análisis con DRAGEN Microbial Enrichment Plus App y soporte para control de calidad, variantes, consensos y asignación filogenética.
Detalles de Presentación
Formato
Protocolo de secuenciación dirigida para VSPv2 disponible como kit en cuatro sets de 96 muestras. Cada kit incluye reactivos para 32 reacciones y, usando el formato recomendado 3-plex, puede procesar 96 muestras. Además, se puede adquirir únicamente el panel.
Contenido del kit
El contenido se distribuye en varias cajas que incluyen reactivos como Illumina Viral Surveillance Panel v2, reactivos de preparación de bibliotecas Illumina RNA Prep with Enrichment (L) Tagmentation, Illumina Purification Beads, y una placa de adaptadores índice Illumina DNA/RNA UD Indexes.
Referencias
| Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples) | 20108081 |
| Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples) | 20108082 |
| Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples) | 20108083 |
| Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples) | 20108084 |
| Illumina Viral Surveillance Panel v2, Panel Only (96 samples) | 20123403 |
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![]( "Illumina Viral Surveillance Panel v2 2")
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