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Un estudio realizado en el laboratorio Citogen aplica secuenciación masiva para el análisis de SNPs a restos óseos históricos y reconstruye relaciones familiares de hasta tercer grado. Una base de datos local desempeña un papel central en el análisis de parentesco.
La identificación de restos humanos antiguos plantea dos dificultades frecuentes en genética forense: la posible fragmentación del ADN y la ausencia de referencias familiares cercanas. Un preprint de nuestra compañera Isabel Navarro-Vera y colaboradores aborda ambos retos mediante el estudio de restos recuperados de la cripta de los Condes de Gelves, una rama descendiente de Cristóbal Colón, en Sevilla. El análisis genético realizado en nuestro laboratorio Citogen, integrado con los resultados de la investigación arqueológica, antropológica e histórica, permitió llegar a la identificación de varios individuos.
El trabajo se centró en cuatro individuos cuyos restos procedían de un contexto funerario con enterramientos múltiples. Con el kit ForenSeq® Kintelligence HT de QIAGEN, el equipo obtuvo perfiles de SNPs que, junto con el resto de las evidencias, permitieron proponer sus identidades y reconstruir un linaje de cuatro generaciones. El estudio describe relaciones familiares hasta tercer grado; estos resultados corresponden al caso investigado y no constituyen una garantía de alcance para cualquier muestra.
Miles de SNPs a partir de restos óseos
La secuenciación masiva en paralelo (MPS) permite analizar simultáneamente miles de SNPs con una elevada sensibilidad, incluso cuando la cantidad de ADN disponible es limitada. En este contexto, el kit ForenSeq® Kintelligence HT está diseñado para amplificar regiones pequeñas, lo que favorece la recuperación de marcadores a partir de ADN fragmentado. El kit analiza 10.230 SNPs, de los cuales 9.867 son informativos para el estudio de parentesco; el panel incluye también marcadores de los cromosomas sexuales y otras categorías de interés forense.
A partir del ADN obtenido de las muestras esqueléticas, se prepararon las librerías con un input de 500 pg por muestra y se secuenciaron en un sistema MiSeq FGx. Se obtuvieron perfiles aptos para el análisis de parentesco en los cuatro individuos. La muestra con mayor índice de degradación presentó menos lecturas y menos SNPs tipados, una relación esperable entre la calidad del ADN y la información recuperada. Los autores señalan, asimismo, que las demás muestras estaban mejor conservadas de lo previsto inicialmente.
Análisis de parentesco en la base de datos local de UAS
Los perfiles se analizaron con Universal Analysis Software (UAS) v2.7 y se compararon mediante el algoritmo de la base de datos local para Kintelligence HT que presenta el propio software. El algoritmo realiza estudios comparativos por pares entre las muestras, considerando los SNPs amplificados, lo que permite inicialmente estimar el posible grado de parentesco entre los individuos. Posteriormente, en base a las hipótesis de parentesco propuestas, se calculan coeficientes de verosimilitud para las hipótesis familiares planteadas.
Los datos obtenidos gracias al estudio de los marcadores asociados a parentesco, se contrastaron con los SNPs de los cromosomas X e Y , con los datos antropológicos, arqueológicos y con la documentación histórica, lo que permitió construir un árbol genealógico coherente.
Esa interpretación conjunta fue esencial. En una de las comparaciones, UAS asignó inicialmente una relación de primer grado que no era compatible con la evidencia del cromosoma X ni con el pedigrí reconstruido. El estudio muestra así tanto la capacidad del análisis local para explorar parentescos complejos como la importancia de revisar las estimaciones automáticas cuando pueden influir eventos técnicos como la pérdida alélica o biológicos como la consanguineidad.
Una herramienta con aplicación en identificación humana
El caso arqueológico ilustra un escenario también relevante para la investigación de personas desaparecidas y restos humanos no identificados: trabajar con muestras óseas y buscar vínculos cuando no se dispone de familiares directos. La combinación de MPS, un panel amplio de SNPs y una base local para comparar los perfiles permite plantear hipótesis de parentesco más allá del núcleo familiar inmediato, cuya solidez debe evaluarse según la calidad de las muestras y las referencias disponibles.
Restos de varios miembros de una misma familia permanecieron mezclados durante siglos en la cripta de los Condes de Gelves. Este estudio muestra cómo la recuperación de miles de SNPs de muestras óseas, la comparación de perfiles en la base local de UAS y el contraste con la evidencia arqueológica e histórica permitieron reconstruir parentescos de hasta cuarto grado y proponer la identidad de cuatro descendientes de Cristóbal Colón.
El artículo completo recoge en detalle cómo el análisis genético, la evidencia arqueológica, los datos antropológicos y la documentación histórica se integraron para reconstruir las relaciones familiares entre los individuos estudiados.
En Diagnóstica Longwood distribuimos ForenSeq® Kintelligence HT Kit de QIAGEN, una solución diseñada para generar perfiles de SNPs orientados a la identificación humana y al análisis de parentesco, también a partir de muestras complejas como huesos y dientes. Su integración con MiSeq FGx y Universal Analysis Software (UAS) permite abordar en un mismo flujo de trabajo la generación, revisión y comparación de perfiles genéticos.
El trabajo desarrollado en Citogen es un ejemplo de cómo estas herramientas pueden trasladarse a casos reales en los que la calidad de la muestra, la distancia del parentesco y la ausencia de referencias directas obligan a combinar tecnología, interpretación genética y otras líneas de evidencia.