Hedera Profiling RNA Test Panel

Panel NGS in house de enriquecimiento dirigido para el perfilado de ARN a partir de muestras de tejido (FFPE). Analiza 43 genes mediante un diseño de sondas ancladas a límites exónicos (splice-aware). Detecta fusiones de manera agnóstica al gen compañero (partner-agnostic), variantes de splicing complejas y perfiles de expresión génica en un único flujo de trabajo.

Descripción Detallada

Principio de funcionamiento

Solución end-to-end basada en química de enriquecimiento por captura híbrida para el análisis de ARN. El ensayo arranca con un paso específico de reparación para ARN derivado de muestras FFPE. A continuación, el flujo avanza a través de la fragmentación, síntesis de ADNc (primera y segunda cadena), reparación de extremos, adición de dA y ligación de adaptadores. Destaca por requerir inputs de muestra de 30 ng de ARN (con 50 ng recomendados para tejidos con >30% de contenido tumoral).

El ensayo permite la detección simultánea de fusiones sin conocimiento previo del partner (ej. ALK, ROS1, RET, NTRK1/2/3), variantes de splicing caracterizadas (ej. METex14 skipping, EGFR vII/vIII/vIVa/vIVb) y niveles de expresión de genes seleccionados (ej. CD274, ERBB2).

Sensibilidad Analítica:

• Muestras FFPE: Detecta variantes con una sensibilidad >95% en niveles de 4 copias/ng y una especificidad >99%.

• Muestra una concordancia superior al 90% frente a ensayos ortogonales caracterizados.

Principio de funcionamiento Hedera Profiling RNA

La preparación de librerías integra adaptadores UMI y primers UDI de lectura de consenso dúplex para maximizar la fiabilidad de los datos, corrigiendo errores y previniendo el salto de índices (index hopping). Tras una hibridación nocturna de 16 horas, el sistema entrega las librerías listas para la carrera de secuenciación en plataformas compatibles en apenas 2 días, permitiendo multiplexar hasta 8 muestras por captura.

El análisis se completa de forma integral mediante Hedera Prime (CE-IVDR), un software de análisis secundario y terciario que automatiza el control de calidad y la interpretación de variantes, presentando los resultados a través de interfaces específicas y optimizadas para cada tipo de alteración genómica.

Aplicaciones clínicas

Herramienta diseñada exclusivamente para entornos de investigación oncológica (RUO) orientados a tumores sólidos. Su capacidad multiparamétrica permite a los laboratorios evaluar la evidencia estructural y de expresión de manera concurrente, investigando eventos de fusión novedosos o conocidos, alteraciones complejas de corte y empalme y firmas de expresión génica críticas en la evaluación de biomarcadores tumorales.

Beneficios

Análisis simultáneo de un panel dirigido de 43 genes de relevancia oncológica en un único ensayo. Descubrimiento partner-agnostic de fusiones oncológicas relevantes. Detección de alta resolución de splicing alternativo mediante diseño de sondas anclado a límites exónicos. Bajo footprint de secuenciación: solo requiere 0.25 Gb (~1.6 M de lecturas) por muestra, permitiendo su integración en carreras de ADN sin necesidad de flow cells exclusivas para ARN. Flujo de trabajo consolidado con reparación de FFPE integrada y inputs mínimos de 30 ng de ARN. Incorporación de tecnología UMI y primers UDI para la corrección de errores de lectura. Compatibilidad validada para la carrera de secuenciación en plataformas Illumina y Element Biosciences AVITI. Integración del análisis bioinformático secundario y terciario a través del software Hedera Prime con marcado CE-IVDR.

Público/usuario previsto

Laboratorios y grupos de investigación que se dedican al estudio, diagnostico y seguimiento de fusiones en tumores sólidos.

Aspectos Clave

Cobertura de 43 genes mediante un panel NGS splice-aware para ARN de tejido FFPE con marcado RUO.

Detección simultánea de fusiones (partner-agnostic), eventos de splicing (incluyendo METex14 skipping y EGFR variante vIII) y perfilado de expresión génica.

Optimización como add-on de secuenciación de alta eficiencia (0.25 Gb por muestra).

Enriquecimiento por captura híbrida con adaptadores UMI y primers UDI de consenso dúplex.

Flujo de trabajo que permite procesar hasta 8 muestras por captura (24 reacciones por kit).

Requerimientos de entrada de muestra partiendo de un mínimo de 30 ng de ARN, con una recomendación de 50 ng para tejidos con más del 30% de contenido tumoral.

Capacidad de procesamiento para la carrera de secuenciación en sistemas Illumina (NextSeq, NovaSeq) y Element Biosciences AVITI.

Análisis automatizado a través de la plataforma Hedera Prime, software con marcado CE-IVDR que centraliza el control de calidad secundario y la interpretación de variantes en etapa terciaria.

Detalles de Presentación

Identificación del producto

Nombre comercial: Hedera Profiling RNA Test Panel. Tipo de producto: Full Solution. Familia de producto: Assay Enrichment Kit + Hedera Prime Analytics. ID de producto: T40-16SP125IF. Versión del producto: 1.0. Tipo de muestra: Total RNA (tejido FFPE).

Contenido del kit

Preparación de librerías, Indexación, Purificación y aislamiento.

Materiales requeridos (No incluidos)

Cuantificación y Control de Calidad (QC): Kits de cuantificación fluorométrica y kits de evaluación de tamaño de fragmentos. Secuenciación: Reactivos para la carrera de secuenciación en plataformas Illumina y control Illumina PhiX v3.

Área:

Fusiones, Tumor sólido

Tecnología:

Secuenciación masiva (NGS)

Marca:

HederaDx

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